More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3469 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  44.76 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 		 249 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 250 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 223 aa  142  6e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 		 233 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 		 233 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 234 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 235 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.38 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  28.04 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.79 
 
 		 236 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.79 
 
 		 236 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
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NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.28 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  33.55 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  29.56 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 229 aa  71.6  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
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NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
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NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 275 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
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NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 275 aa  62  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
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NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 244 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
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NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  51.92 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  38.89 
 
 		 208 aa  58.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  28.47 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
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NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011059  Paes_0794  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 206 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4218  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 202 aa  57  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.135159  normal  1 
 
 
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NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  54 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  28.75 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  43.94 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  33.33 
 
 		 112 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 202 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  34.82 
 
 		 221 aa  55.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 195 aa  54.7  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 222 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0309  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 213 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302465  normal  1 
 
 
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NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  29.45 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  54.3  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 222 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
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NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 203 aa  53.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  40.51 
 
 		 222 aa  53.5  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 212 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
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NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 205 aa  53.5  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 204 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 215 aa  53.1  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 209 aa  53.5  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
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NC_008146  Mmcs_2610  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 207 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.965658  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_2654  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 207 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569555  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  27.45 
 
 		 246 aa  52.8  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_2640  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 207 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 233 aa  52.8  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 233 aa  52.8  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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