197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2556 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  461  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.55 
 
 		 223 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  99.55 
 
 		 223 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  99.55 
 
 		 223 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.1 
 
 		 223 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.55 
 
 		 223 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.55 
 
 		 223 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.55 
 
 		 223 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.55 
 
 		 223 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  84.75 
 
 		 224 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  84.75 
 
 		 224 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  84.75 
 
 		 224 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  84.75 
 
 		 224 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  84.3 
 
 		 224 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  76.23 
 
 		 225 aa  353  1e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.91 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.02 
 
 		 236 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.02 
 
 		 236 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 245 aa  112  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 		 233 aa  98.6  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 277 aa  98.2  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 278 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 278 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 278 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 275 aa  95.5  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 275 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 283 aa  94.7  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 235 aa  92.4  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  30 
 
 		 253 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  32.81 
 
 		 224 aa  89  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 244 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 250 aa  85.5  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 233 aa  84.7  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  27.94 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  24.41 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  24.41 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  28.16 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2413  transcriptional regulator, TetR family  32.19 
 
 		 240 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 206 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 194 aa  50.8  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  46.55 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 244 aa  49.7  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2189  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 222 aa  49.7  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  27.27 
 
 		 227 aa  49.3  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 247 aa  48.9  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2028  transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 194 aa  48.9  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.937171  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 212 aa  48.9  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 226 aa  48.1  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3200  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 219 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  32.94 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3996  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624951  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 220 aa  46.6  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4070  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 258 aa  46.6  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 213 aa  46.6  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  22.77 
 
 		 219 aa  46.2  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 204 aa  46.2  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  28.83 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 232 aa  46.2  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 189 aa  46.2  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1548  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  29.68 
 
 		 193 aa  45.8  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3562  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11243  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0445311  normal  0.0334035 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1689  transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0605741  hitchhiker  0.00000000000000310562 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4010  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 228 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.00413509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.08 
 
 		 212 aa  45.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3188  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 211 aa  45.4  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 232 aa  45.4  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  37.8 
 
 		 207 aa  45.1  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 215 aa  45.4  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 		 212 aa  45.4  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2312  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 201 aa  45.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394535  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 234 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>