More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3265 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 205 aa  228  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 215 aa  121  6e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 216 aa  81.6  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 258 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  27.17 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 184 aa  68.6  0.00000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5533  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal  0.987341 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3617  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.130352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  50 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  42.42 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.609129 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  26.26 
 
 		 202 aa  62  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 201 aa  62  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  40.91 
 
 		 241 aa  61.6  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1689  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 201 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0605741  hitchhiker  0.00000000000000310562 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2291  transcriptional regulator, TetR family  37.35 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2354  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0622512  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2270  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2530  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.828016  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2312  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394535  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2545  transcriptional regulator, TetR family  30.33 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.91976e-46 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2515  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326335 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  23.93 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  28.28 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0708  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  46.55 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.66 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
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NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.66 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.66 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.66 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  29.49 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
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NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.66 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  29.37 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
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NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
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NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
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NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
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