More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5058 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 245 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.81 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.38 
 
 		 236 aa  99.8  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.38 
 
 		 236 aa  99.8  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.43 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  31.43 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.88 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.43 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.43 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.43 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.43 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.25 
 
 		 223 aa  92.4  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.95 
 
 		 224 aa  91.7  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.95 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.95 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.95 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.95 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.22 
 
 		 225 aa  91.3  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 235 aa  86.3  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  34.22 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  30.56 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  33.89 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  30.56 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 246 aa  72  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 275 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 275 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 277 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 229 aa  68.2  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0794  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 234 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 244 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  30.46 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  28.68 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4010  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.00413509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11243  transcriptional regulator  52.83 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0445311  normal  0.0334035 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  25.7 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  35.9 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5533  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal  0.987341 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3617  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 196 aa  52  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 208 aa  51.6  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3996  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 228 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624951  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4070  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 228 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  51.06 
 
 		 209 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 244 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 258 aa  51.2  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 233 aa  50.4  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 203 aa  50.1  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4630  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 206 aa  50.1  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.110827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  32.74 
 
 		 233 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 212 aa  49.3  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4498  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 220 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.1303  normal  0.37719 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  25.15 
 
 		 214 aa  49.3  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0199  TetR family regulatory protein  26.63 
 
 		 214 aa  48.5  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3673  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 230 aa  48.5  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3411  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 206 aa  48.5  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  0.0722688 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 199 aa  48.5  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 207 aa  48.5  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 222 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 224 aa  48.5  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>