More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2872 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  498  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0708  TetR family transcriptional regulator  56.09 
 
 		 244 aa  290  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  47.92 
 
 		 242 aa  241  7.999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  44.49 
 
 		 241 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  32.39 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  55 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 206 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 193 aa  61.6  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  30.48 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3159  putative transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  42.47 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1906  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 193 aa  57  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.812491 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1498  TetR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0699971 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  45.9 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  42.03 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  48.94 
 
 		 372 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  43.64 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 290 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 288 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 210 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  41.54 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  38.03 
 
 		 208 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 258 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  27.84 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  40.62 
 
 		 215 aa  54.3  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3188  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  27.68 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5316  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.505659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  44.44 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  42.42 
 
 		 219 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2002  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 191 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0595533  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  38.16 
 
 		 213 aa  53.5  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 		 215 aa  53.5  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0030  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100703  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 223 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 199 aa  53.1  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 346 aa  53.1  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  38.33 
 
 		 226 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 220 aa  53.1  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 211 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1398  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 212 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 236 aa  52.8  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 236 aa  52.8  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 		 212 aa  52.8  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 206 aa  52.8  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 219 aa  52.4  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 212 aa  52.4  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 212 aa  52.4  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02176  hypothetical protein  38.46 
 
 		 154 aa  52.4  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 220 aa  52.4  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 212 aa  52.4  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  25.63 
 
 		 215 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  36.92 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 244 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 228 aa  52.4  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 210 aa  52.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>