More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_1960 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 199 aa  412  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 208 aa  82  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  33.93 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  32.08 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  37.88 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  37.33 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  25 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 291 aa  55.5  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 332 aa  54.7  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  31.76 
 
 		 219 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1283  transcriptional regulator, TetR family  38.75 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8904  putative transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 182 aa  53.9  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  36 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 215 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1684  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 227 aa  53.9  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 223 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1845  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.025211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 223 aa  53.9  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 208 aa  53.1  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 220 aa  53.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 227 aa  53.1  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  34.67 
 
 		 207 aa  53.1  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 239 aa  53.1  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  25.13 
 
 		 220 aa  52.8  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 256 aa  52.4  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 183 aa  52.4  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  33.02 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 190 aa  52.4  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  39.66 
 
 		 190 aa  52.4  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  32.79 
 
 		 221 aa  52  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 221 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 238 aa  52.4  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 221 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 200 aa  52  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 204 aa  52  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 227 aa  52  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 186 aa  52  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 225 aa  51.6  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 205 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 210 aa  51.6  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 228 aa  51.6  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 196 aa  51.6  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 207 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 231 aa  51.6  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 221 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 198 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4041  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 182 aa  51.2  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.449289  normal  0.0505107 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 183 aa  51.2  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 200 aa  51.2  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 201 aa  51.6  0.000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 200 aa  51.2  0.000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 185 aa  51.2  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 223 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>