More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01897 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 207 aa  434  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 211 aa  226  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 215 aa  223  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 212 aa  222  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 212 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 212 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 212 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 239 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 213 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 212 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 212 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 212 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  49.75 
 
 		 212 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  49.75 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 211 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  48.77 
 
 		 208 aa  215  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 228 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
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NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  48.26 
 
 		 214 aa  215  5e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  49.5 
 
 		 213 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  47.29 
 
 		 214 aa  209  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 215 aa  207  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 224 aa  202  3e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 219 aa  174  6e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  41.58 
 
 		 233 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  41.38 
 
 		 233 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 235 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
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NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 235 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 235 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
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NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
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NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 235 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  40.58 
 
 		 238 aa  158  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  40.87 
 
 		 238 aa  158  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 235 aa  157  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
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NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  39.11 
 
 		 239 aa  135  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
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NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  40.96 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
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NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  37.19 
 
 		 210 aa  132  5e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
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NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  37.19 
 
 		 210 aa  132  5e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 316 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 276 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
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NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 318 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 316 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 318 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 316 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 318 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 318 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 288 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
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NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 272 aa  129  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
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NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
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NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 317 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  40.11 
 
 		 205 aa  127  8.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 273 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 273 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 273 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 290 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 234 aa  118  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 354 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  33 
 
 		 340 aa  111  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 313 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 352 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 227 aa  109  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 223 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 227 aa  105  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 335 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 242 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 218 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 220 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  30.84 
 
 		 221 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 221 aa  85.1  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  29.56 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 276 aa  77.4  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4603  TetR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
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NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 227 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
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NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  22.87 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  36.56 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  27.22 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_7072  putative transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  53.06 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
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NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_22730  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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