290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4645 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  447  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  45.75 
 
 		 238 aa  149  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 227 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 233 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2034  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 216 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.480509  normal  0.0875613 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 240 aa  97.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 242 aa  96.3  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 238 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 227 aa  91.7  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 242 aa  89.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 237 aa  89.7  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 239 aa  89.4  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 317 aa  89  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 229 aa  88.2  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 242 aa  85.9  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  34.34 
 
 		 210 aa  85.9  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  34.34 
 
 		 210 aa  85.9  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 318 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 318 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  34.73 
 
 		 222 aa  85.5  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 318 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 225 aa  85.5  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 318 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 316 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 276 aa  85.5  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 316 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 272 aa  85.5  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 316 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 273 aa  84.7  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 273 aa  84.7  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 273 aa  84.7  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 272 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 295 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  30.84 
 
 		 205 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5610  hypothetical protein  42.86 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.209551  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  27.45 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  27.09 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  32.72 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  28.71 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 209 aa  75.1  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  28.02 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 215 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  25.98 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  28.77 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  28.77 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 215 aa  72.4  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 211 aa  72  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 		 216 aa  72  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  34.52 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  25.25 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4603  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 352 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  28.64 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  28.64 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 235 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 235 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  54.9 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7072  putative transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 199 aa  57  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  45.45 
 
 		 226 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1070  TetR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>