More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2066 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  91.94 
 
 		 211 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  86.73 
 
 		 215 aa  378  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  84.83 
 
 		 228 aa  374  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  83.41 
 
 		 212 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  84.29 
 
 		 239 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  83.41 
 
 		 212 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  83.41 
 
 		 212 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  84.29 
 
 		 212 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  84.29 
 
 		 212 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  84.29 
 
 		 212 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  82.94 
 
 		 212 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  82.94 
 
 		 213 aa  363  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  83.41 
 
 		 227 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  85.38 
 
 		 212 aa  363  1e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  82.38 
 
 		 213 aa  362  3e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  80.48 
 
 		 214 aa  354  5.999999999999999e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 215 aa  235  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  53.62 
 
 		 214 aa  228  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 224 aa  228  4e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  53.14 
 
 		 208 aa  228  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  49.75 
 
 		 207 aa  215  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 219 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 235 aa  189  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  46.34 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  45.85 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 235 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 235 aa  184  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 235 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  49.51 
 
 		 238 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 235 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 235 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  49.02 
 
 		 238 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  42.31 
 
 		 239 aa  159  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 210 aa  144  7.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  36.82 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  36.82 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  40.36 
 
 		 222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 290 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 273 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 273 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 273 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 276 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 272 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 273 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 288 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 316 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 316 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 316 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 317 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 354 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  38.07 
 
 		 352 aa  122  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 238 aa  122  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  38.29 
 
 		 340 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  36.45 
 
 		 227 aa  120  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 313 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 335 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 234 aa  105  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 223 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  35.52 
 
 		 205 aa  102  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  99.4  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 218 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 221 aa  91.3  9e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 207 aa  91.3  9e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 209 aa  90.1  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 216 aa  87.4  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  33.51 
 
 		 221 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  27.23 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6563  putative transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 186 aa  64.7  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0113679 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1790  transcriptional regulator, TetR family  39.8 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.121253  normal  0.33193 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  55.17 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 242 aa  61.2  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  51.85 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  29.73 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22730  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>