More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0538 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 340 aa  679    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  79.27 
 
 		 354 aa  522  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  76.1 
 
 		 352 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  74.12 
 
 		 313 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  64.32 
 
 		 335 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  59.75 
 
 		 295 aa  285  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  65.07 
 
 		 288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  56.97 
 
 		 272 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 273 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 272 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  60.58 
 
 		 273 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  60.58 
 
 		 273 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  60.58 
 
 		 273 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 276 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 316 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 316 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 316 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 317 aa  269  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 290 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 229 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  44.98 
 
 		 227 aa  144  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  42.86 
 
 		 210 aa  132  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  42.86 
 
 		 210 aa  132  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  43.68 
 
 		 222 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 219 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 213 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 234 aa  127  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 228 aa  125  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 212 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 212 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 212 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  33.96 
 
 		 213 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 212 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  40 
 
 		 227 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 239 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 215 aa  122  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 211 aa  122  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 211 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  36.81 
 
 		 214 aa  120  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  38.28 
 
 		 216 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 212 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 215 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 225 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  33.66 
 
 		 207 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  41.71 
 
 		 233 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  39.77 
 
 		 239 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  40.57 
 
 		 233 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  37.87 
 
 		 205 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 235 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 235 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 235 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 235 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 235 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  41.14 
 
 		 238 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  39.77 
 
 		 238 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 235 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 224 aa  98.2  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  33.93 
 
 		 208 aa  96.3  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  33.93 
 
 		 214 aa  92.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 227 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 220 aa  89.4  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 210 aa  89.4  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 221 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  35.85 
 
 		 221 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 242 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 209 aa  86.7  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 220 aa  78.2  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 233 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  35.15 
 
 		 207 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 242 aa  69.7  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  34.55 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  30.3 
 
 		 238 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1768  regulatory protein, TetR  34.35 
 
 		 226 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 254 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 227 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0388  TetR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.190078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 239 aa  62  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 242 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2034  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 216 aa  62  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.480509  normal  0.0875613 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 213 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0301  TetR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.593617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>