More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2863 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  429  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 244 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  57.14 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  43.21 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  55.17 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  55.17 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  55.17 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 239 aa  62  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 210 aa  62  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  53.45 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  53.45 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  41.38 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  31.25 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  36.63 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  47.06 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  50.79 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  50.79 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  49.35 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  37.62 
 
 		 246 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  50.88 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.05 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 197 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  28.67 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  28.67 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  28.67 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  42.67 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0199  TetR family regulatory protein  44.62 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.05 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.05 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 250 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  45.16 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  30.12 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  42.67 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.52 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  29.52 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  29.52 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 252 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 233 aa  57  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3157  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  29.52 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  34.95 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  29.52 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  42.5 
 
 		 249 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>