More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2557 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 250 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  81.45 
 
 		 249 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  62.61 
 
 		 253 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  39.37 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  39.37 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 235 aa  108  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.5 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 235 aa  98.6  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.06 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 233 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.31 
 
 		 236 aa  95.5  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.31 
 
 		 236 aa  95.5  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.02 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  29.41 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.92 
 
 		 223 aa  85.5  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.44 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 275 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  30.27 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 283 aa  72  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  57.14 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  60.78 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  39.8 
 
 		 263 aa  62  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 213 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  49.23 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  34.82 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  54 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  23.13 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1778  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0789135  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5046  putative transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 222 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1548  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  32.08 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  43.55 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2276  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 403 aa  57  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.276985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  48.15 
 
 		 214 aa  57  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  40.91 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1289  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3241  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  47.27 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  40.79 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1720  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 200 aa  55.1  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 205 aa  55.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>