More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1298 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 235 aa  481  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 258 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5533  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 219 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal  0.987341 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3617  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 219 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 219 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 234 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 212 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 219 aa  86.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2483  transcriptional regulator, TetR family  31.49 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0489732  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2354  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0622512  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2530  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.828016  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_2545  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.91976e-46 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B1689  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0605741  hitchhiker  0.00000000000000310562 
 
 
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NC_005957  BT9727_2312  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394535  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2270  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
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NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  31.62 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1746  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227148  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
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NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
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NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
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NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
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NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  26.48 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  29.91 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
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NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
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NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 233 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 233 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 190 aa  53.5  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
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NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 213 aa  53.5  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  27.46 
 
 		 239 aa  52.8  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
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NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 194 aa  52.8  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 232 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 232 aa  52.8  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 216 aa  52.8  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  27.66 
 
 		 218 aa  52.8  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 229 aa  52.8  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 211 aa  52.4  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 240 aa  52  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 216 aa  52  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1070  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 229 aa  52.4  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 214 aa  52  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 203 aa  51.6  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  41.03 
 
 		 193 aa  51.6  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 199 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 220 aa  50.8  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2950  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000171699 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0297  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0512572 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  29.29 
 
 		 246 aa  50.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0538  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 254 aa  50.1  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  32.93 
 
 		 280 aa  50.4  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 244 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 200 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1683  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 210 aa  49.7  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 208 aa  49.7  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1562  putative transcriptional regulator, TetR family  45.76 
 
 		 194 aa  49.3  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.196181  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_2226  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 223 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145555  normal  1 
 
 
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NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 242 aa  49.3  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
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NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 		 372 aa  49.3  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 237 aa  49.3  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 211 aa  49.3  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 220 aa  49.3  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
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NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 235 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 209 aa  49.3  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 275 aa  48.9  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
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NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 258 aa  49.3  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 235 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
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NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 235 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
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NC_008688  Pden_4630  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 206 aa  48.9  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.110827  normal  1 
 
 
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