More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1683 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1683  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  463  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  88.73 
 
 		 225 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3610  TetR family transcriptional regulator  86.03 
 
 		 229 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2195  TetR family transcriptional regulator  73.93 
 
 		 220 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7122  TetR family transcriptional regulator  72.94 
 
 		 219 aa  311  6.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0088  TetR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 221 aa  157  9e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1072  TetR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 212 aa  139  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0604431  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1678  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1026  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  28.12 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  27.5 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 242 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 193 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 231 aa  53.5  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 209 aa  53.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  26.82 
 
 		 220 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 235 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  23.02 
 
 		 255 aa  52  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 217 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  30.56 
 
 		 227 aa  51.6  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 213 aa  51.6  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 217 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 372 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1710  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.160964  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2734  putative transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  0.79417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 214 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2291  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2972  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  24.19 
 
 		 225 aa  50.1  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 200 aa  50.1  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3373  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 225 aa  50.1  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  24.08 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1574  regulatory protein, TetR  27.4 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.979673 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 200 aa  50.1  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 211 aa  49.7  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  25.36 
 
 		 218 aa  49.7  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  27.7 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  21.1 
 
 		 232 aa  49.3  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 212 aa  49.3  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 234 aa  49.3  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 235 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6365  putative transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 213 aa  48.9  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  37.5 
 
 		 238 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 204 aa  48.5  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 203 aa  48.5  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 234 aa  48.5  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 233 aa  48.5  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 233 aa  48.5  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  42.11 
 
 		 233 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 213 aa  48.5  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  42.11 
 
 		 233 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1523  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 200 aa  48.5  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120489 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4113  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1083  TetR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 205 aa  48.1  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 192 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  39.51 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5376  putative transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 207 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0545475 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  22.7 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  23.42 
 
 		 218 aa  48.1  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  36.11 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 199 aa  47.4  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 241 aa  47  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 266 aa  47  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 238 aa  47.4  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 228 aa  47  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>