290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1904 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 225 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1683  TetR family transcriptional regulator  89.27 
 
 		 227 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3610  TetR family transcriptional regulator  83.98 
 
 		 229 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2195  TetR family transcriptional regulator  70.95 
 
 		 220 aa  330  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7122  TetR family transcriptional regulator  71.36 
 
 		 219 aa  310  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0088  TetR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 221 aa  155  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1072  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0604431  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1678  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 		 242 aa  62  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  26.88 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  27.98 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1026  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  33.87 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 208 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1574  regulatory protein, TetR  35.53 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.979673 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  23.55 
 
 		 247 aa  52.8  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  23.63 
 
 		 255 aa  52.4  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 235 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 235 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 235 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 235 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 238 aa  52  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1523  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 200 aa  52  0.000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120489 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  28.57 
 
 		 218 aa  51.6  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 372 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 230 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3833  transcriptional regulator, TetR family  24.64 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 214 aa  50.8  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3870  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0541518  normal  0.262725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  44.83 
 
 		 233 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 263 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  44.83 
 
 		 233 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 234 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1710  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.160964  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 225 aa  49.7  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  30.56 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  43.1 
 
 		 238 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13440  transcriptional regulator  42.62 
 
 		 188 aa  48.9  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2972  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 207 aa  48.9  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 196 aa  48.9  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 225 aa  48.9  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  43.1 
 
 		 238 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 203 aa  48.5  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  27.7 
 
 		 235 aa  48.5  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 205 aa  48.5  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3373  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 266 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 220 aa  48.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 106 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0039  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0636  TetR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0304513 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 216 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3458  transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 213 aa  47.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 210 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2164  regulatory protein, TetR  27.1 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1083  TetR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 205 aa  46.6  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  39.47 
 
 		 227 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 224 aa  47  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>