More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2914 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 202 aa  410  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1083  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 205 aa  142  4e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  38.31 
 
 		 203 aa  135  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 204 aa  128  6e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1189  regulatory protein TetR  32.65 
 
 		 195 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3493  transcriptional regulator, TetR family  28.27 
 
 		 196 aa  107  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 211 aa  97.1  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 		 203 aa  93.2  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 190 aa  78.2  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 255 aa  74.7  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 202 aa  71.2  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3059  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 205 aa  68.2  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  25.38 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  25.38 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1743  TetR family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.065917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 242 aa  64.7  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
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NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  22.62 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  23 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  22.49 
 
 		 218 aa  62  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 213 aa  62  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_2131  regulatory protein, TetR  26.34 
 
 		 218 aa  62  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00771887  normal  0.859247 
 
 
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NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  25.98 
 
 		 215 aa  62  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 233 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 233 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 233 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  22.02 
 
 		 250 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
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NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
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NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
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NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  20.81 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  26.9 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  20.54 
 
 		 244 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
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NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4330  TetR family transcriptional regulator  21.26 
 
 		 235 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  24.83 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03010  TetR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000381229 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  25.78 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1683  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  24.38 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  32.39 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  24.37 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3356  TetR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 247 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224117 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  24.16 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
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NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  22.47 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
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NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
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NC_008009  Acid345_1718  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.114077  normal  1 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  25.5 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  25.78 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 188 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
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