More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0125 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  417  1e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  47.76 
 
 		 203 aa  186  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 202 aa  128  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1083  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 205 aa  122  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  110  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 204 aa  98.2  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1189  regulatory protein TetR  28.14 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3493  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  27.87 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  29.51 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 225 aa  62  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  27.47 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  27.47 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2010  transcriptional regulator, TetR family  34.95 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.267977  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 222 aa  58.2  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0928  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 461 aa  57.4  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000384359  n/a   
 
 
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NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011126  HY04AAS1_1398  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  24.07 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_013165  Shel_24090  transcriptional regulator  23.83 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_1906  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.812491 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  22.17 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  37.76 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3088  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215093  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 275 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3108  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.90259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3148  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.435592 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 277 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1941  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000874649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 245 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4438  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 477 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.829211  normal  0.875845 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 238 aa  54.3  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  53.9  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1639  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 332 aa  53.9  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4328  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 477 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0701267  normal  0.0216349 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  34.78 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
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NC_013131  Caci_4234  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 192 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0811126  normal  0.324857 
 
 
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NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  37.1 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
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NC_009511  Swit_3054  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 126 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0108952 
 
 
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NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 283 aa  53.9  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
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NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 242 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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