More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3054 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3054  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 126 aa  261  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0108952 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 190 aa  57.8  0.00000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 238 aa  57.8  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  40.58 
 
 		 246 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 206 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 213 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 204 aa  54.3  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 192 aa  54.3  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 213 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 213 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 213 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0457  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 189 aa  53.9  0.0000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 234 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 234 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 216 aa  53.9  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 216 aa  53.9  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 200 aa  53.5  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 204 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 219 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2034  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 216 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.480509  normal  0.0875613 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 200 aa  53.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 209 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 222 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 198 aa  52  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 215 aa  52  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3850  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 207 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.349935 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 261 aa  52.4  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 211 aa  51.6  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 291 aa  51.6  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 225 aa  51.6  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  53.19 
 
 		 209 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 228 aa  51.6  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 235 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0361  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 212 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.23201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 225 aa  51.2  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 222 aa  51.6  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 196 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 221 aa  51.2  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 221 aa  51.2  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 197 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 277 aa  51.2  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 225 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  51.2  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 242 aa  51.2  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 221 aa  51.2  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 202 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 194 aa  51.2  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  35.94 
 
 		 227 aa  50.8  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 207 aa  50.8  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  37.88 
 
 		 204 aa  50.8  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0925  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  40 
 
 		 197 aa  50.8  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 283 aa  50.4  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  50.4  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 196 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 202 aa  50.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3383  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 197 aa  50.4  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1647  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 197 aa  50.4  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 278 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 278 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 278 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 219 aa  50.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 332 aa  50.4  0.000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 213 aa  50.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 197 aa  49.7  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 254 aa  50.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3380  regulatory protein, TetR  33.73 
 
 		 222 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386273  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 194 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 227 aa  49.7  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1999  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 180 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 220 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 205 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 207 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  39.06 
 
 		 226 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13530  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 186 aa  49.7  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00114254  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 230 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  38.98 
 
 		 227 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 223 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  38.24 
 
 		 242 aa  49.7  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23590  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 180 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0142024 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 		 183 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 224 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3550  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 209 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123962  normal  0.200142 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  37.1 
 
 		 211 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 223 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0708  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 244 aa  48.9  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>