More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6801 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 217 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  81.03 
 
 		 218 aa  310  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 228 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 224 aa  151  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  45.11 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  42.93 
 
 		 246 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 219 aa  140  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 211 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 243 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 		 218 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  36.22 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  38.59 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  33.51 
 
 		 213 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 247 aa  98.2  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  31.98 
 
 		 264 aa  97.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 273 aa  96.3  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 206 aa  95.9  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 266 aa  95.9  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  31 
 
 		 207 aa  95.1  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 209 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 206 aa  91.7  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 242 aa  91.7  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 231 aa  91.7  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  30.15 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  36.77 
 
 		 221 aa  90.1  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 233 aa  89.4  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 220 aa  87.4  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 235 aa  85.5  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 210 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  31.18 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  36.43 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 236 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 236 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.5 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  31.58 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  64.7  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3644  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.106311  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2103  TetR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  36.8 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  26.19 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  32.05 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  27.54 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 212 aa  62  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  42.17 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1656  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0515046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>