More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3584 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  99.06 
 
 		 212 aa  430  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  98.58 
 
 		 212 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  90.52 
 
 		 212 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  55.83 
 
 		 239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  55.83 
 
 		 242 aa  251  7e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  55.92 
 
 		 245 aa  232  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 241 aa  224  8e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0176  transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 		 263 aa  218  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5749  TetR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5516  TetR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 270 aa  195  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  44.22 
 
 		 218 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  45.14 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  45.14 
 
 		 231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  44.94 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 210 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 210 aa  178  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 225 aa  166  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  38.73 
 
 		 223 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  40.47 
 
 		 227 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  37.5 
 
 		 221 aa  164  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2131  regulatory protein, TetR  37.75 
 
 		 218 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00771887  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 210 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 210 aa  158  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  39.09 
 
 		 210 aa  158  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2401  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853887 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 210 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 210 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 210 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 210 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2247  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3527  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 227 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  0.540257 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  41.35 
 
 		 215 aa  154  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  37.44 
 
 		 222 aa  154  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2244  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 192 aa  154  9e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 216 aa  154  9e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03010  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000381229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4904  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 225 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  37.13 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 210 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 218 aa  151  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2226  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 223 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 192 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  38.58 
 
 		 223 aa  150  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 216 aa  147  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  34.56 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 210 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7595  transcriptional regulator TetR family  40.96 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1185  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193625  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1929  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434465  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1338  TetR family regulatory protein  38.58 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0307  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.45423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1177  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0841  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1024  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.420909  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 241 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5245  transcriptional regulator, TetR family  37.06 
 
 		 251 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  136  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  33.49 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 220 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  34.98 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  34.72 
 
 		 241 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 248 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3710  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 243 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0891  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3094  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 224 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5162  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 224 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.122941 
 
 
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NC_008391  Bamb_4633  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 224 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010086  Bmul_3448  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 240 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  31.46 
 
 		 215 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 233 aa  117  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
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NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
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NC_009436  Ent638_0520  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 213 aa  116  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627434 
 
 
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NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_2513  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.988711 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 212 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
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