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for query gene Avi_6229 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 
240 aa  497  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  48.64 
 
 
225 aa  215  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 
225 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  52.53 
 
 
225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  37.79 
 
 
218 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  39.11 
 
 
227 aa  165  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
210 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
210 aa  158  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
210 aa  158  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  43.17 
 
 
210 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  43.17 
 
 
210 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  42.08 
 
 
210 aa  155  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 
231 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0891  TetR family transcriptional regulator  40.84 
 
 
211 aa  154  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 
216 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
239 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
210 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
230 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
231 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 
242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  41.53 
 
 
210 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  40.98 
 
 
224 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
210 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3710  TetR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
226 aa  152  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  43.02 
 
 
233 aa  152  5.9999999999999996e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  35.68 
 
 
215 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
241 aa  151  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
210 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
227 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3448  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
240 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
232 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
224 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
232 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
224 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 
248 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
232 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3094  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
237 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
232 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4633  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
224 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
237 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5162  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
224 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.122941 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
232 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
224 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  42.94 
 
 
228 aa  149  5e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  37.27 
 
 
222 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
224 aa  148  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  39 
 
 
218 aa  148  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2244  TetR family transcriptional regulator  43.37 
 
 
192 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  40.53 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
216 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 
192 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 
231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 
231 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
212 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  38.92 
 
 
214 aa  144  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4904  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
225 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
235 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
243 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
212 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
220 aa  143  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  36.95 
 
 
246 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
212 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
227 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  35.47 
 
 
239 aa  142  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
247 aa  142  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03010  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
222 aa  141  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000381229 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
210 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1929  TetR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
210 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434465  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1338  TetR family regulatory protein  40.44 
 
 
210 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0841  TetR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
210 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0307  TetR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
210 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.45423  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1185  TetR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
210 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193625  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1024  TetR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
210 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.420909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1177  TetR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
210 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2131  regulatory protein, TetR  34.8 
 
 
218 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00771887  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  34.8 
 
 
223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7595  transcriptional regulator TetR family  34.67 
 
 
223 aa  135  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
255 aa  135  5e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
241 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 
223 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  32.02 
 
 
241 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
245 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012791  Vapar_0176  transcriptional regulator, TetR family  34.63 
 
 
263 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5245  transcriptional regulator, TetR family  37.8 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
238 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal 
 
 
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NC_002947  PP_3527  TetR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
227 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  0.540257 
 
 
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NC_009512  Pput_2247  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
227 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010322  PputGB1_2401  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
223 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.853887 
 
 
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NC_010501  PputW619_2226  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
223 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145555  normal 
 
 
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NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
233 aa  124  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  31.41 
 
 
215 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
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NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
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NC_010557  BamMC406_5516  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165925  normal 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 
215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
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NC_008392  Bamb_5749  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  normal 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
212 aa  113  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal 
 
 
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NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 
214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
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