More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2401 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2401  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3527  TetR family transcriptional regulator  96.85 
 
 		 227 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  0.540257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2247  TetR family transcriptional regulator  96.4 
 
 		 227 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2226  TetR family transcriptional regulator  87.44 
 
 		 223 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4904  TetR family transcriptional regulator  72.46 
 
 		 225 aa  323  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2131  regulatory protein, TetR  69.27 
 
 		 218 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00771887  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  68.78 
 
 		 223 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  63.77 
 
 		 221 aa  287  8e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03010  TetR family transcriptional regulator  64.08 
 
 		 222 aa  278  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000381229 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  61.97 
 
 		 222 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  54.63 
 
 		 220 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 227 aa  227  9e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 231 aa  226  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  53.69 
 
 		 231 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 232 aa  224  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 232 aa  224  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 232 aa  224  8e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 232 aa  224  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 232 aa  224  8e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 224 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 224 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0891  TetR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 211 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 224 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3094  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 237 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 237 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3448  TetR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 240 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4633  TetR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 224 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5162  TetR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 224 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.122941 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 216 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  47.22 
 
 		 224 aa  211  5.999999999999999e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 241 aa  209  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 227 aa  205  4e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  44.6 
 
 		 218 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  41.78 
 
 		 233 aa  199  1.9999999999999998e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 243 aa  195  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  45.07 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 255 aa  162  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  42.16 
 
 		 227 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 210 aa  155  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  37.67 
 
 		 223 aa  155  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 216 aa  153  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 210 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2513  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 214 aa  153  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.988711 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 212 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0520  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627434 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  38.31 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 210 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  38.59 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  34.45 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 214 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 		 231 aa  144  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  38.25 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0307  TetR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.45423  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0841  TetR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1929  TetR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434465  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1338  TetR family regulatory protein  39.3 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1185  TetR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193625  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1177  TetR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1024  TetR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.420909  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 210 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2244  TetR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 192 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  31.82 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 192 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 230 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
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NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 		 242 aa  134  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 235 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
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NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
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NC_011981  Avi_7595  transcriptional regulator TetR family  41.61 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 241 aa  129  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  29.5 
 
 		 215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
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NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  36.17 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5245  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 251 aa  126  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
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NC_008392  Bamb_5749  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 225 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  normal  1 
 
 
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NC_010557  BamMC406_5516  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 270 aa  121  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165925  normal  1 
 
 
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NC_012791  Vapar_0176  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 		 263 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 212 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 212 aa  118  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal  1 
 
 
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