More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0560 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 208 aa  427  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  40.67 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 209 aa  119  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  37.13 
 
 		 208 aa  100  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 242 aa  71.2  0.000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 238 aa  68.2  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 210 aa  67  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  55.77 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  23.66 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  39.02 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  27.39 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  39.02 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  40.24 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  22.28 
 
 		 203 aa  62  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 202 aa  62  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 199 aa  62  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 229 aa  62  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 250 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 219 aa  61.2  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2291  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  39.02 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4330  TetR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  52.94 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 194 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1689  transcriptional regulator, TetR family  31.39 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0605741  hitchhiker  0.00000000000000310562 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 276 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  40.51 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  41.94 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  52.08 
 
 		 207 aa  58.2  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 222 aa  58.2  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2312  TetR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394535  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2270  TetR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3885  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2545  transcriptional regulator, TetR family  31.39 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.91976e-46 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>