More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3885 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3885  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  487  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 231 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0439  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1520  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0458  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 202 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1655  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.928806  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1420  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  52.94 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1311  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0550  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 229 aa  57  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  24 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1059  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 185 aa  54.7  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 203 aa  54.3  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0064  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2525  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 203 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.905424  hitchhiker  0.00170542 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 251 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1053  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.853566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3998  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 205 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0825494  normal  0.0160725 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 242 aa  53.5  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5637  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 220 aa  53.1  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.766944 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22050  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 199 aa  52.8  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0903673 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 257 aa  52.8  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 197 aa  52.8  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2767  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 203 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.430405  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2735  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 201 aa  52.4  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2741  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 215 aa  52.4  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2980  TetR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 203 aa  52.4  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 190 aa  52.4  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 209 aa  52.4  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 223 aa  52.4  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000716  transcriptional regulator  47.92 
 
 		 175 aa  52.4  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.421465  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 218 aa  52  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0758  transcriptional regulator, TetR family  45.65 
 
 		 197 aa  52  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251208 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 243 aa  52  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 234 aa  52  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  30.63 
 
 		 195 aa  52  0.000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 234 aa  52  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0778  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 		 199 aa  52  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.308556  normal  0.547023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  28.57 
 
 		 219 aa  52  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 212 aa  52  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 195 aa  52  0.000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2572  regulatory protein TetR  40.68 
 
 		 238 aa  52  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 213 aa  52  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  52  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 261 aa  51.2  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2568  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 203 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21232  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2809  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.167328  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2489  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 203 aa  52  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.371609  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  37.31 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2754  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 203 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.864254  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 197 aa  51.2  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2762  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 203 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000444516 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 221 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  33.85 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5615  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.328639  normal  0.169387 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 198 aa  51.2  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3095  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 192 aa  51.6  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000942813  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  32.81 
 
 		 226 aa  51.2  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 213 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0566  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0258  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 202 aa  51.2  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.569121  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1989  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 216 aa  50.8  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2951  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.418779999999999e-31 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2951  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0703  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 216 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 192 aa  50.8  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 207 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1516  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 196 aa  50.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>