More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0982 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  393  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4918  TetR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 193 aa  95.1  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4666  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 200 aa  87.8  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243183 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 193 aa  85.9  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3581  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 200 aa  85.5  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.919672  normal  0.194712 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3662  TetR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.995327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5773  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0297  TetR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0512572 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  52.63 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0873  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 186 aa  74.3  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6563  putative transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0113679 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5487  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 205 aa  71.2  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28208  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1562  putative transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.196181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2588  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 200 aa  68.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  30.98 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  29.32 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1085  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.973817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1058  TetR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 187 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1074  TetR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 187 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.220175  normal  0.111345 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0253  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.920099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2830  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.082996  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0641  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 211 aa  62  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.109704  normal  0.126118 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4395  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  56 
 
 		 238 aa  60.1  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 220 aa  57.8  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 228 aa  57  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6679  transcriptional regulator, TetR family  30.27 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.874837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0928  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 461 aa  56.6  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000384359  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2249  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.111246  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0472  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.957077  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0483  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0459  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  42.67 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0576  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  26.8 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 225 aa  54.7  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 184 aa  53.9  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1232  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 272 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 258 aa  53.9  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 209 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  45.45 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 276 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  50.77 
 
 		 189 aa  53.9  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1772  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.706828  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 222 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5533  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 219 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal  0.987341 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3617  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 219 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  42.62 
 
 		 263 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 219 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1366  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0482522  normal  0.0728361 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.82 
 
 		 223 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 239 aa  53.1  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  50.98 
 
 		 211 aa  52.8  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2354  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0622512  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 227 aa  52.8  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2530  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.828016  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  44.44 
 
 		 235 aa  52.8  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 214 aa  52.8  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 220 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.82 
 
 		 223 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 223 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  29.82 
 
 		 223 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2312  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394535  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3404  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 198 aa  52.4  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.64747  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  47.06 
 
 		 210 aa  52.4  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.82 
 
 		 223 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.82 
 
 		 223 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.82 
 
 		 223 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 220 aa  52.4  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 213 aa  52.4  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>