More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4891 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 261 aa  525  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  86 
 
 		 250 aa  424  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3356  TetR family transcriptional regulator  70.35 
 
 		 247 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224117 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  59.91 
 
 		 231 aa  270  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 219 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 230 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0162  transcription regulator protein  46.8 
 
 		 233 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.1146  normal  0.445023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0051  transcriptional regulator, TetR family  44.09 
 
 		 250 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0054  transcriptional regulator, TetR family  44.09 
 
 		 250 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 232 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 244 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1743  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 244 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.065917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4330  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1718  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.114077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  24.66 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 210 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  22.62 
 
 		 202 aa  62.4  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  26.67 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1758  transcriptional regulator of TetR family protein  23.58 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.77056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  37.89 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 203 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 232 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 203 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.46 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  30.46 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.46 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  25.47 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.46 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  24 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.46 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.46 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21800  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.391718  normal  0.223847 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  23.08 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  27.53 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  22.64 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 221 aa  55.1  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 204 aa  55.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 207 aa  55.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 210 aa  55.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 221 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1121  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 221 aa  55.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  39.73 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 200 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 210 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1291  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.170651  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 205 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 234 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 234 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 242 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1893  TetR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 206 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 213 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 210 aa  53.5  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2214  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 219 aa  53.1  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.411668  normal  0.665917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 206 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 245 aa  53.5  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 208 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2395  transcriptional regulator, TetR family  40.48 
 
 		 205 aa  53.1  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.431985  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 210 aa  53.1  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 223 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4037  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 446 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.755951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 		 216 aa  53.1  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 240 aa  53.1  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>