More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0162 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0162  transcription regulator protein  100 
 
 		 233 aa  455  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.1146  normal  0.445023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0051  transcriptional regulator, TetR family  76.42 
 
 		 250 aa  297  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0054  transcriptional regulator, TetR family  76.42 
 
 		 250 aa  297  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 230 aa  184  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  46.8 
 
 		 261 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 232 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1743  TetR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.065917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1718  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 228 aa  152  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.114077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3356  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 247 aa  148  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224117 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4330  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 235 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  23.92 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2515  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 202 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326335 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 188 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  40.98 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.68 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  42.68 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.68 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.68 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.68 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  42.68 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  22.06 
 
 		 214 aa  55.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_002950  PG1240  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0973  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  25.35 
 
 		 229 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 233 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 233 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4630  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.110827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  18.64 
 
 		 202 aa  53.1  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 216 aa  53.1  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 232 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0611  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 193 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0226  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 218 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.131166 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 203 aa  52.8  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0236  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 218 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0269868  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0620  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 193 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0246  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 218 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0633  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 193 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  38.18 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 213 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 204 aa  52  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 197 aa  52  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 194 aa  52  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3236  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 194 aa  51.6  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0469246  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 200 aa  51.6  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  22.61 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1286  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 199 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000123202 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 222 aa  51.6  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 238 aa  51.2  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 190 aa  51.2  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  40 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1317  regulatory protein TetR  31.64 
 
 		 232 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5551  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.1306  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0424  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 		 201 aa  51.6  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.315635  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 202 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0856  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 194 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.257581  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 213 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3535  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.926686  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  37.97 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3493  transcriptional regulator, TetR family  27.11 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  23.39 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 190 aa  50.4  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0257  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>