More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3567 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 217 aa  447  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 218 aa  300  7.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  58.05 
 
 		 235 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1758  transcriptional regulator of TetR family protein  42.58 
 
 		 220 aa  188  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.77056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 211 aa  155  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  37.85 
 
 		 218 aa  152  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 232 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 233 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 233 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 213 aa  129  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  38.8 
 
 		 233 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 106 aa  72  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  44.12 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  39.39 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  45.21 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1639  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2518  TetR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.647945 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  35.79 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1307  transcriptional regulator, TetR family  42.47 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0245614  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3630  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2249  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.111246  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4140  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.355658  normal  0.167189 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1083  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  40.91 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  36.62 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 273 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 189 aa  53.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 218 aa  53.1  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 244 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 266 aa  53.1  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 188 aa  52.8  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 189 aa  52.8  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 227 aa  52.4  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  24.39 
 
 		 264 aa  52  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1270  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 208 aa  52  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0484434 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3404  TetR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 198 aa  52.4  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.64747  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3194  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 188 aa  52  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 258 aa  52  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  40.35 
 
 		 198 aa  51.6  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 		 218 aa  51.6  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 218 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  41.18 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  27.85 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3373  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4330  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 235 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3675  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.850178 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6679  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.874837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 295 aa  50.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4918  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141388  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 193 aa  50.4  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0117  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 222 aa  50.1  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 272 aa  50.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5007  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.324898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 		 217 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 242 aa  49.7  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>