More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2708 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 266 aa  532  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  80.17 
 
 		 273 aa  391  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  58.53 
 
 		 247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  58.53 
 
 		 255 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  56.83 
 
 		 264 aa  260  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  51.55 
 
 		 215 aa  208  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 232 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 242 aa  195  7e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 226 aa  192  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 220 aa  175  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 243 aa  174  9e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 214 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  46.84 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 217 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  39.8 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  40.49 
 
 		 207 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 218 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 206 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  37.75 
 
 		 206 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 214 aa  122  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 224 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  37.62 
 
 		 209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 209 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 206 aa  118  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  34.33 
 
 		 213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  37.95 
 
 		 238 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  38.37 
 
 		 246 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 211 aa  105  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 219 aa  105  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 210 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 210 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 218 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 204 aa  97.1  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 217 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 211 aa  82  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  29.59 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  33.89 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  26.84 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 209 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  31.86 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  26.63 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 198 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  38.21 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  32.07 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4809  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  62  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 206 aa  62  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 234 aa  62  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  30.09 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  24.19 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>