More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2165 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 228 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 217 aa  156  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 218 aa  151  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 219 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  37.36 
 
 		 246 aa  104  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  34.95 
 
 		 218 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 230 aa  92  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 228 aa  89  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 230 aa  88.2  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 206 aa  85.9  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 232 aa  85.1  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  30.6 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 255 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  29.19 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  32.9 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 242 aa  78.2  0.00000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  28.95 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 210 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  38.35 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  31.65 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4073  putative transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  34.11 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  27.39 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  35.34 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0706  TetR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5031  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.59 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  30.89 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  31.79 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3126  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068587  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5241  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 196 aa  57  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0801  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2057  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.649855  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0472  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1609  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1961  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.140222  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0655  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64003  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0543  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.387034  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 324 aa  56.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  41.18 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0744  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 233 aa  54.7  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0946  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.806854  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 198 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 191 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  41.96 
 
 		 220 aa  53.1  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 236 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 220 aa  53.5  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 236 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 214 aa  53.5  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  35.71 
 
 		 222 aa  53.5  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0022  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 224 aa  53.5  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 209 aa  52.8  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 269 aa  52.8  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 218 aa  52.8  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>