More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3896 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 199 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  98.47 
 
 		 198 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 199 aa  270  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  65.1 
 
 		 200 aa  265  4e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  60.3 
 
 		 203 aa  256  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 196 aa  208  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2291  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 212 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 227 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  28.57 
 
 		 239 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  26.79 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  29.22 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 210 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2244  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0891  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  24.37 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0960  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.462033  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 247 aa  65.1  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 205 aa  64.7  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  23.12 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  26.18 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 210 aa  62  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 225 aa  61.2  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3059  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3448  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1062  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0959794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3094  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4633  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5162  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.122941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0307  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.45423  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1929  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434465  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1177  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1338  TetR family regulatory protein  26.18 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1024  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.420909  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1185  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193625  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0841  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  23.3 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  26.74 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 248 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1216  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  23.3 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 254 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>