More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3590 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  427  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 232 aa  227  9e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 233 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 233 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 233 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 233 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 233 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  54.46 
 
 		 232 aa  222  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  54.9 
 
 		 233 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 226 aa  188  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  46.15 
 
 		 218 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 211 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  36.27 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1758  transcriptional regulator of TetR family protein  32.21 
 
 		 220 aa  136  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.77056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 106 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 196 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  50.72 
 
 		 211 aa  69.7  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 199 aa  68.2  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
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NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  26.18 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
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NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  43.48 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1639  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
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NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 250 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
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NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  31.16 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  42.03 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
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NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 189 aa  61.2  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2249  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.111246  normal  0.0445772 
 
 
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NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
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NC_009953  Sare_2758  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.524358  hitchhiker  0.00766091 
 
 
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NC_011830  Dhaf_2010  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.267977  n/a   
 
 
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NC_009338  Mflv_0253  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.920099  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_7122  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014211  Ndas_5487  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 263 aa  60.1  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_2195  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4630  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.110827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3411  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  0.0722688 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0261  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 266 aa  58.5  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0191308 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.56 
 
 		 232 aa  58.5  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3567  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3090  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.595832  hitchhiker  0.000923351 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  35.61 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 225 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4330  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  25.24 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0088  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0641  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.109704  normal  0.126118 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3159  putative transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
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NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
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NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
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NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 278 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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