More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4630 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4630  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.110827  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1682  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.274254 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0261  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 266 aa  73.2  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0191308 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2758  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 217 aa  71.6  0.000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.524358  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1906  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.812491 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3756  transcriptional regulator, TetR family  37.21 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 235 aa  65.1  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3159  putative transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 219 aa  62  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 245 aa  62  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0538  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3567  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5316  transcriptional regulator, TetR family  34.51 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.505659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1758  transcriptional regulator, TetR family  34.56 
 
 		 232 aa  59.3  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000730158  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1837  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1758  transcriptional regulator of TetR family protein  44.07 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.77056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 229 aa  58.2  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2967  regulatory protein, TetR  31.09 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2369  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0144  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  32.14 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  38.75 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2036  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 203 aa  54.7  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.49858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  38.96 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 231 aa  54.7  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0162  transcription regulator protein  50 
 
 		 233 aa  54.3  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.1146  normal  0.445023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0051  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 250 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 199 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  35.4 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0054  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 225 aa  52.8  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  28.68 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4404  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 213 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.28 
 
 		 236 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.28 
 
 		 236 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 244 aa  53.1  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  28.68 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3673  transcriptional regulator, TetR family  51.79 
 
 		 230 aa  53.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  47.17 
 
 		 207 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 232 aa  52.8  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 232 aa  52.8  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3493  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  36.71 
 
 		 246 aa  52.4  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 244 aa  52.4  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 245 aa  52.4  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4010  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 228 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.00413509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  32.61 
 
 		 112 aa  52  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11243  transcriptional regulator  34.96 
 
 		 212 aa  52  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0445311  normal  0.0334035 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1801  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 216 aa  52  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 235 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 199 aa  51.6  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 198 aa  51.6  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3996  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 228 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624951  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4070  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 228 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 		 233 aa  51.6  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 199 aa  51.6  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03670  transcriptional regulator  48.28 
 
 		 230 aa  51.6  0.000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00912022  hitchhiker  0.0085588 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1456  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 203 aa  51.6  0.000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 212 aa  51.6  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  51.6  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 196 aa  51.2  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2128  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.190242  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 223 aa  51.2  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3188  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 233 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  57.45 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 233 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 233 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 233 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 234 aa  50.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 239 aa  50.4  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 283 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>