149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3493 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3493  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 196 aa  403  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1189  regulatory protein TetR  55.15 
 
 		 195 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  28.27 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1083  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  23.71 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 246 aa  53.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 245 aa  53.1  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1743  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 244 aa  53.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.065917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0928  transcriptional regulator, TetR family  25.5 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  23.64 
 
 		 190 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 244 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 232 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  20.79 
 
 		 238 aa  48.9  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  27.59 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 207 aa  46.6  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 241 aa  46.6  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  47  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 228 aa  47  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  35.06 
 
 		 194 aa  47  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 214 aa  47  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3239  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.845515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 235 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3662  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 222 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 208 aa  46.2  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3735  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 222 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.717952  normal  0.477586 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12460  hypothetical protein  46.81 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4140  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 202 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.355658  normal  0.167189 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 238 aa  46.2  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3675  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 222 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.850178 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 224 aa  46.2  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0162  transcription regulator protein  26.63 
 
 		 233 aa  45.8  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.1146  normal  0.445023 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3229  putative transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.446849 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1005  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 218 aa  45.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2518  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 209 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.647945 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 202 aa  45.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 183 aa  45.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  25 
 
 		 190 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2667  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 185 aa  45.4  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000225339  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  26.02 
 
 		 203 aa  45.4  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 208 aa  45.1  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  34.12 
 
 		 202 aa  45.1  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  29.27 
 
 		 191 aa  45.1  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0810  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 268 aa  44.7  0.0008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 234 aa  44.7  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0051  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 250 aa  44.7  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3861  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 209 aa  45.1  0.0008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2768  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 192 aa  44.7  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.373276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0054  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 250 aa  44.7  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5139  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 223 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  22.14 
 
 		 184 aa  44.3  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  24.52 
 
 		 225 aa  43.9  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2194  regulatory protein, TetR  40.68 
 
 		 218 aa  44.3  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4113  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 236 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8152  putative transcriptional regulator, TetR family  30.16 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.687421 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3493  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 222 aa  44.3  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  32.47 
 
 		 198 aa  43.5  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 231 aa  43.5  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5585  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3575  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 233 aa  43.9  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2200  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 203 aa  43.1  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3271  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.377871  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  43.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0987  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 203 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  32.47 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1173  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 202 aa  43.5  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2515  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00143422  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 236 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5463  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5471  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5189  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5024  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  42.7  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5040  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6786  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 199 aa  42.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 190 aa  43.1  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0872  TetR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 190 aa  42.7  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.956466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 230 aa  42.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 208 aa  42.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 218 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2776  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 213 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.556184  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5433  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.944120000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 190 aa  42.7  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0716  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 223 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  20.9 
 
 		 204 aa  42.7  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 189 aa  42.7  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 286 aa  42.7  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5518  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 209 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.142065  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  23.73 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1950  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 248 aa  42.4  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 217 aa  42.4  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3894  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 223 aa  42.4  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0466911 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 190 aa  42.7  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  24.72 
 
 		 213 aa  42.4  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>