More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1950 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1950  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
248 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5732  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5353  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5442  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1842  TetR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
226 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1823  TetR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
226 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1889  TetR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
226 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21800  transcriptional regulator  26.85 
 
 
265 aa  70.5  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.391718  normal  0.223847 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
217 aa  68.6  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3730  transcriptional regulator, TetR family  34.46 
 
 
237 aa  65.9  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2216  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 
189 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191802  normal  0.0189795 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  46.48 
 
 
332 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3920  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
227 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62554  normal  0.13671 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 
211 aa  63.5  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0098  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
219 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.31231  normal  0.349087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0108  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
219 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.244027  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0117  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
219 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0523426 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
214 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 
247 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 
229 aa  62  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
224 aa  62  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  47.76 
 
 
231 aa  61.6  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 
255 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0906  transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 
232 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052988  normal  0.0196 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
231 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
219 aa  60.1  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  46.84 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
241 aa  59.7  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 
202 aa  59.3  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
233 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
209 aa  59.3  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
219 aa  58.9  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  41.46 
 
 
225 aa  58.5  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
238 aa  58.5  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1639  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
215 aa  57.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 
216 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4972  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 
317 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6216  transcriptional regulator, TetR family  32.48 
 
 
208 aa  57  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3240  putative transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 
201 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00194759  normal  0.442697 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1392  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 
205 aa  57.8  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 
200 aa  57  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  30.51 
 
 
214 aa  57  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4589  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
198 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.447268  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  29.7 
 
 
264 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 
192 aa  56.2  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
238 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
215 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
226 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 
227 aa  56.6  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 
219 aa  56.2  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
202 aa  56.2  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
199 aa  56.2  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3998  transcriptional regulator, TetR family  44.3 
 
 
205 aa  56.2  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0825494  normal  0.0160725 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
219 aa  56.2  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 
183 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 
225 aa  56.2  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
202 aa  55.8  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
197 aa  55.8  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
207 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
225 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2373  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 
207 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
291 aa  55.8  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2980  TetR family transcriptional regulator  53.7 
 
 
203 aa  55.5  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
209 aa  55.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
209 aa  55.5  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 
207 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
209 aa  55.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 
230 aa  55.5  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 
221 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1133  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 
193 aa  55.5  0.0000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2441  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
205 aa  55.1  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.21008  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
191 aa  55.5  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
210 aa  55.1  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 
225 aa  55.5  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0589  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
191 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 
202 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  26.29 
 
 
189 aa  55.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
219 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
221 aa  55.1  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  33.33 
 
 
200 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
194 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
195 aa  54.7  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2959  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 
207 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00177797 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0318  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
198 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 
194 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 
215 aa  54.3  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
218 aa  54.3  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  26.64 
 
 
224 aa  54.3  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 
218 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
214 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  33.71 
 
 
202 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 
224 aa  54.3  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
224 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
224 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  37.76 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2506  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 
205 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.733789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
207 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 
203 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2200  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 
203 aa  53.9  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>