More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3575 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3575  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 189 aa  118  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2010  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 		 193 aa  112  5e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.267977  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1747  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5271  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.869889  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2894  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6683  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 202 aa  52  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 190 aa  52  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 199 aa  51.2  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 192 aa  51.2  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  25.24 
 
 		 230 aa  50.8  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3687  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.13 
 
 		 220 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0386851 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.13 
 
 		 220 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3580  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.13 
 
 		 220 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.344721  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3653  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.13 
 
 		 220 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.451581 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3750  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  39.13 
 
 		 220 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.833551 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1634  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 209 aa  50.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.681802  normal  0.225704 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  26.45 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3831  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 208 aa  50.1  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.484216  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  30.59 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19310  hypothetical protein  27.85 
 
 		 215 aa  49.7  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0818404  normal  0.200215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1067  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 202 aa  49.3  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2956  transcriptional regulator, TetR family  23.63 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 215 aa  49.3  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 225 aa  49.3  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 192 aa  48.9  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1665  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 221 aa  48.9  0.00006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.271808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1656  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 196 aa  48.5  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0515046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 		 201 aa  48.5  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 324 aa  48.5  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  22.65 
 
 		 231 aa  48.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  26.27 
 
 		 194 aa  48.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 218 aa  47.4  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  26.05 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  28.93 
 
 		 227 aa  47.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6831  TetR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 223 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.1423  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 277 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04380  transcriptional regulator, TetR family  44 
 
 		 72 aa  47.8  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 278 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1914  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000166268  normal  0.222991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 278 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1807  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 199 aa  47.8  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.366594 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2016  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 194 aa  47.4  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0982631  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 278 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 228 aa  47.4  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 		 240 aa  47.8  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 287 aa  47.4  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  28.57 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 283 aa  47.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 245 aa  46.6  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1353  regulatory protein TetR  28.57 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.273808  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 239 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1189  regulatory protein TetR  30.34 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3213  transcriptional regulator, TetR family  24.69 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000469892  normal  0.140374 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  42 
 
 		 221 aa  46.6  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5273  TetR family transcriptional regulator  22.31 
 
 		 241 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0264263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1427  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.286714  hitchhiker  0.000126282 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 188 aa  46.2  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3223  TetR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  24.8 
 
 		 224 aa  46.2  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 276 aa  46.2  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3285  TetR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 212 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3234  TetR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 188 aa  45.8  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  38.33 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 188 aa  45.8  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05660  putative transcriptional regulator  38.33 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 195 aa  46.2  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2098  TetR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 199 aa  46.2  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0785695  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1516  transcriptional regulator, TetR family  22.46 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 242 aa  45.8  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  26.42 
 
 		 112 aa  45.4  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 205 aa  45.8  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  32.31 
 
 		 226 aa  45.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 189 aa  45.4  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 189 aa  45.4  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1897  transcriptional regulator, TetR family  21.79 
 
 		 200 aa  45.4  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0417503  decreased coverage  0.000000883258 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>