235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3894 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3894  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  449  1e-125  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0466911 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3285  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.672369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3294  TetR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3769  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.396044  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3842  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3781  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2891  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 236 aa  91.7  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7072  putative transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 216 aa  90.1  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2416  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00485209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2597  transcriptional regulator, TetR family  34.4 
 
 		 218 aa  85.9  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.127933  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1506  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 227 aa  85.9  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.212096  hitchhiker  0.000526239 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1768  regulatory protein, TetR  33.64 
 
 		 226 aa  85.5  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3522  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4236  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.502121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0521  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.769368  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1790  transcriptional regulator, TetR family  34.8 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.121253  normal  0.33193 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0301  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 250 aa  81.6  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.593617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2515  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00143422  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3489  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2468  TetR family transcriptional regulator  41 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4057  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0267673  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5743  regulatory protein TetR  34.83 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.405607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2515  regulatory protein, TetR  42 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.977555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22730  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0388  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.190078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  48.61 
 
 		 205 aa  64.7  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  51.72 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3897  regulatory protein, TetR  36.26 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0396363  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  51.72 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0223  regulatory protein TetR  41.38 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.029073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  51.72 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 318 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 316 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 290 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 317 aa  57  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 318 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 318 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 316 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 316 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 318 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  49.12 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2889  transcriptional regulator, TetR family  33.97 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 276 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  47.14 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  35.78 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  45.59 
 
 		 340 aa  54.7  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 221 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  49.09 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5753  hypothetical protein  38.24 
 
 		 259 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.391996 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 		 352 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 240 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1888  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  45.59 
 
 		 354 aa  52.8  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  44.93 
 
 		 238 aa  52.4  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 242 aa  52.4  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1256  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 207 aa  52.8  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000259056 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 295 aa  52.4  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 228 aa  52.4  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  42.65 
 
 		 288 aa  52.4  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 335 aa  52  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 195 aa  52  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 242 aa  52  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 224 aa  52  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 235 aa  52  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  51.85 
 
 		 209 aa  52  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 235 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  52.83 
 
 		 233 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  52.83 
 
 		 233 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 235 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  45.45 
 
 		 208 aa  51.6  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 235 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 235 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 235 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  28.17 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  31.19 
 
 		 213 aa  50.8  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3510  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 224 aa  50.1  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  50.94 
 
 		 238 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  41.82 
 
 		 226 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 219 aa  49.7  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 211 aa  49.7  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>