153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0301 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0301  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 250 aa  508  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.593617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0521  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 221 aa  91.3  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.769368  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2468  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4057  TetR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0267673  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3894  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 223 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0466911 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0388  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.190078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5743  regulatory protein TetR  43.22 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.405607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3285  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.672369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7072  putative transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4236  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.502121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1506  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.212096  hitchhiker  0.000526239 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22730  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2416  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00485209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2515  regulatory protein, TetR  35.92 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.977555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1768  regulatory protein, TetR  34.26 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3769  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.396044  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3842  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3781  TetR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2515  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00143422  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3897  regulatory protein, TetR  40.96 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0396363  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3294  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  48.57 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2891  transcriptional regulator, TetR family  31 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1790  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.121253  normal  0.33193 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2597  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.127933  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  48.57 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  48.57 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0223  regulatory protein TetR  37.86 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.029073 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 290 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5753  hypothetical protein  43.42 
 
 		 259 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.391996 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3489  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 230 aa  57  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  41.33 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  41.33 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  35.11 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  32.99 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  32.99 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 295 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  46.58 
 
 		 288 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 222 aa  53.9  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  26.79 
 
 		 207 aa  53.9  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 221 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  34.04 
 
 		 214 aa  53.1  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  46.03 
 
 		 227 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 211 aa  52.4  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  40.62 
 
 		 221 aa  52  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 212 aa  52  0.000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 212 aa  52  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 212 aa  52  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 313 aa  51.6  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  25.24 
 
 		 238 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 211 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 220 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 213 aa  50.1  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 224 aa  50.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 242 aa  49.7  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 215 aa  49.7  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 234 aa  48.9  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2889  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 		 227 aa  48.9  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  47.17 
 
 		 238 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 237 aa  48.9  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  47.17 
 
 		 238 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3522  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 222 aa  48.9  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 235 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  47.17 
 
 		 233 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  47.17 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>