More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3294 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3294  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  501  1e-141  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3285  TetR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 270 aa  248  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.672369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3894  TetR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 223 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0466911 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1768  regulatory protein, TetR  34.72 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0521  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.769368  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0388  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 249 aa  82  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.190078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2468  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0301  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.593617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4057  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0267673  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7072  putative transcriptional regulator, TetR family  34.63 
 
 		 216 aa  77  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3781  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2416  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00485209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3769  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.396044  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3842  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1506  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.212096  hitchhiker  0.000526239 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1790  transcriptional regulator, TetR family  32.38 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.121253  normal  0.33193 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4548  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 247 aa  72  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225011  normal  0.280375 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2515  regulatory protein, TetR  41.67 
 
 		 288 aa  72  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.977555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22730  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2515  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00143422  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4236  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.502121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5743  regulatory protein TetR  39.13 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.405607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  30.77 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2597  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.127933  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2891  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3897  regulatory protein, TetR  36.28 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0396363  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0223  regulatory protein TetR  30.68 
 
 		 234 aa  65.1  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.029073 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3489  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  29.81 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  29.81 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3522  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  37.07 
 
 		 213 aa  62  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 273 aa  62  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 209 aa  62  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  42.57 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 273 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 273 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 273 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  36.57 
 
 		 238 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  53.33 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  37.07 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  54.1 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 238 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  34.91 
 
 		 209 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  55.74 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  35.92 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  41.25 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  34.73 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  38.05 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 213 aa  57  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 227 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  33.97 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  36.43 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  33.96 
 
 		 340 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2034  TetR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.480509  normal  0.0875613 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  38.83 
 
 		 242 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  35.22 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>