178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1678 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1678  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1026  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 216 aa  85.1  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2195  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  31.74 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1683  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4889  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7122  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0088  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  31.58 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3610  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  24.43 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 248 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3630  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1072  TetR family transcriptional regulator  21.13 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0604431  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  26.9 
 
 		 224 aa  53.1  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4904  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 225 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  25.88 
 
 		 235 aa  52.8  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  28.57 
 
 		 221 aa  52.8  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 232 aa  52.4  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 233 aa  52  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 247 aa  52.4  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 219 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 214 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  26.05 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  27.03 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 233 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  32.11 
 
 		 211 aa  49.7  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 241 aa  49.7  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 211 aa  49.3  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1758  transcriptional regulator of TetR family protein  28.07 
 
 		 220 aa  48.9  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.77056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5169  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 196 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767063 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 226 aa  48.5  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  22.5 
 
 		 211 aa  48.5  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3240  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 209 aa  48.5  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 215 aa  48.5  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 200 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  32.69 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1689  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0605741  hitchhiker  0.00000000000000310562 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 230 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 227 aa  47.8  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 233 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 233 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03010  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 222 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000381229 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  25.58 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  23.18 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  25.58 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  25.58 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 202 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1746  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227148  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 251 aa  47.4  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  25.12 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  26.13 
 
 		 222 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 232 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2270  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  26.01 
 
 		 225 aa  46.6  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 243 aa  46.6  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  37.88 
 
 		 198 aa  47  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2545  transcriptional regulator, TetR family  25.3 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.91976e-46 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  24.54 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1639  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  24.54 
 
 		 212 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  24.54 
 
 		 212 aa  45.8  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 231 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2354  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 201 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0622512  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2530  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 201 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.828016  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 252 aa  46.2  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 214 aa  46.2  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  24.54 
 
 		 212 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 223 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 238 aa  45.8  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.42 
 
 		 212 aa  45.4  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3527  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 227 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  0.540257 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 223 aa  45.4  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 231 aa  45.4  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  22.28 
 
 		 241 aa  45.4  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 212 aa  45.4  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  25.42 
 
 		 212 aa  45.4  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  25.42 
 
 		 212 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>