238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3610 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3610  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1683  TetR family transcriptional regulator  86.03 
 
 		 227 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  80.53 
 
 		 225 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2195  TetR family transcriptional regulator  73.11 
 
 		 220 aa  332  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7122  TetR family transcriptional regulator  73.3 
 
 		 219 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0088  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 221 aa  151  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1072  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 212 aa  142  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0604431  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1678  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1026  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  23.04 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  23.04 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  23.71 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1710  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 217 aa  52.4  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.160964  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  32.26 
 
 		 235 aa  52.4  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 		 202 aa  52.4  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 235 aa  52  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 207 aa  52  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 225 aa  52  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 212 aa  52  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 193 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 372 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1574  regulatory protein, TetR  34.21 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.979673 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 201 aa  50.1  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1523  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 200 aa  49.7  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120489 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 248 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 235 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 235 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  23.44 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 213 aa  49.3  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 208 aa  49.3  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2972  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 207 aa  48.9  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  25.88 
 
 		 200 aa  48.9  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  42.11 
 
 		 233 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  42.11 
 
 		 233 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2291  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 216 aa  48.5  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3373  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 211 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5376  putative transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 207 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0545475 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  25.43 
 
 		 200 aa  47.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 212 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  40.35 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  40.35 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  42.86 
 
 		 239 aa  47  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 212 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1083  TetR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 230 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  40.79 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  34.48 
 
 		 227 aa  47  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 233 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 233 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  29.05 
 
 		 235 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  25.31 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  39.51 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 212 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  20.85 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4041  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 182 aa  47  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.449289  normal  0.0505107 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 217 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  21.35 
 
 		 208 aa  46.6  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  45.76 
 
 		 213 aa  46.6  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 217 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 220 aa  46.6  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 210 aa  47  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 217 aa  46.6  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 224 aa  46.2  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 214 aa  46.2  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 215 aa  46.2  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  27.43 
 
 		 218 aa  46.2  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>