180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1495 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  395  1e-109  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 240 aa  215  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  43.82 
 
 		 173 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 225 aa  62  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3348  TetR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 		 221 aa  61.6  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 250 aa  61.2  0.000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 250 aa  61.2  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 250 aa  61.2  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  32.03 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  32.03 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  32.03 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  34.72 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 259 aa  58.2  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 261 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3074  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3134  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.641409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3091  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0742554 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  26.92 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  35.21 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  31 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 245 aa  54.7  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  29.86 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  31.43 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 249 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2591  transcriptional regulator, TetR family  55.1 
 
 		 192 aa  53.9  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.266738 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  42.53 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 268 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  26.56 
 
 		 222 aa  53.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  33.8 
 
 		 228 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  32.68 
 
 		 258 aa  53.1  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 214 aa  52.8  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2879  regulatory protein TetR  31.71 
 
 		 226 aa  52.8  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 211 aa  52.4  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 216 aa  52.4  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2594  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 221 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.971437  normal  0.0759549 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 210 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 210 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 210 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 263 aa  51.6  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 221 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 226 aa  51.2  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  31.54 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 253 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 247 aa  50.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  27.03 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0414  regulatory protein TetR  30.94 
 
 		 231 aa  50.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.580547  normal  0.438724 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 237 aa  50.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 		 248 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 210 aa  49.3  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  35.05 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 224 aa  49.3  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 224 aa  49.3  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 223 aa  49.3  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 190 aa  48.9  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>