More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1167 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 227 aa  447  1e-125  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  97.78 
 
 		 226 aa  436  1e-121  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  40.47 
 
 		 239 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  32.71 
 
 		 220 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 223 aa  90.1  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  41.01 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4572  putative transcriptional regulator, TetR family  35.81 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145324  normal  0.111989 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 225 aa  68.2  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 183 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2589  regulatory protein TetR  39.11 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  27.35 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 242 aa  62  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 218 aa  62  0.000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  26.57 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0632  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.639401  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  34.91 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  33.74 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  32.71 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  25.79 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  37 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  26.84 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  36.63 
 
 		 272 aa  55.1  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 200 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 240 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1322  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 173 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 232 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1702  regulatory protein TetR  50.82 
 
 		 199 aa  52.8  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4012  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 195 aa  53.1  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00441742  normal  0.139253 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 285 aa  52.4  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 253 aa  52.4  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  47.46 
 
 		 225 aa  52  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  47.46 
 
 		 225 aa  52  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  47.46 
 
 		 225 aa  52  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 		 255 aa  52  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0135  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 217 aa  52  0.000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  27.22 
 
 		 228 aa  52  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 257 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 272 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 332 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  42.65 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  26.63 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 271 aa  50.8  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2591  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.266738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 249 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  42.03 
 
 		 196 aa  50.1  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 259 aa  50.1  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 218 aa  49.7  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1334  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 241 aa  49.7  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 255 aa  49.7  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 252 aa  49.7  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 220 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2956  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 207 aa  49.7  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5933  regulatory protein TetR  43.94 
 
 		 250 aa  49.3  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3795  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 202 aa  49.3  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.277058  hitchhiker  0.000257317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>