More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1243 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  456  1e-127  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 315 aa  184  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 230 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  36.29 
 
 		 247 aa  125  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  39.82 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 218 aa  111  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  32.6 
 
 		 272 aa  106  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 		 272 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 268 aa  103  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  34.7 
 
 		 249 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  44.67 
 
 		 343 aa  102  7e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  35.24 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  33.62 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 253 aa  99.4  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2052  putative transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 		 241 aa  99  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.654374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 248 aa  98.6  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  34.51 
 
 		 223 aa  98.2  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 259 aa  97.4  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  30.04 
 
 		 223 aa  97.4  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 242 aa  97.1  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  47.66 
 
 		 263 aa  95.5  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  38.12 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 253 aa  93.2  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  38.71 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  32.55 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  37.41 
 
 		 218 aa  92  7e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  33.77 
 
 		 315 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 234 aa  90.9  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  41.91 
 
 		 283 aa  90.5  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 247 aa  90.9  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  36.3 
 
 		 233 aa  90.5  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  33.18 
 
 		 343 aa  89.4  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 271 aa  89  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  32.6 
 
 		 234 aa  88.6  8e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  35.54 
 
 		 229 aa  88.2  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 240 aa  88.2  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5933  regulatory protein TetR  33.5 
 
 		 250 aa  88.2  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  39.2 
 
 		 272 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  34.84 
 
 		 268 aa  86.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 234 aa  85.9  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 221 aa  85.9  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 304 aa  85.9  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 221 aa  85.1  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  30.13 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00320  transcriptional regulator, tetR family  32.48 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.48619  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  33.47 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  37.59 
 
 		 262 aa  83.6  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  39.84 
 
 		 267 aa  83.6  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  29.96 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 183 aa  81.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  36.69 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  29.18 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  30.45 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  34.97 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 281 aa  78.6  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 255 aa  78.6  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  29.22 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1468  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  36.72 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 247 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  32.13 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 253 aa  75.9  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2560  TetR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.283011  normal  0.208167 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  30.72 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26640  transcriptional regulator, tetR family  35.03 
 
 		 215 aa  73.2  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.062936  normal  0.0737104 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  38.66 
 
 		 246 aa  72  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1527  transcriptional regulator, TetR family  43.88 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.413191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  36.51 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0092  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>