249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2596 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  507  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  82.63 
 
 		 233 aa  354  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  70.31 
 
 		 231 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  55.07 
 
 		 250 aa  218  6e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  44.61 
 
 		 234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  46.83 
 
 		 249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  41.61 
 
 		 268 aa  106  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 263 aa  99.4  5e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  35.43 
 
 		 255 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  33.63 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 218 aa  88.2  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 242 aa  87  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  32.33 
 
 		 263 aa  85.5  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 272 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  36.5 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  34.66 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 268 aa  79.3  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  31.56 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2840  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  35.29 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  32.9 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  31.6 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 238 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 221 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  30.94 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1404  hypothetical protein  31.88 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.245587  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26640  transcriptional regulator, tetR family  36.03 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.062936  normal  0.0737104 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2453  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.106386  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 225 aa  68.6  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 252 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  32.23 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19920  transcriptional regulator, tetR family  33.12 
 
 		 207 aa  67  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314765  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 220 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  29.14 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  32.69 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  31.8 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 271 aa  65.5  0.0000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 206 aa  64.7  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  26.12 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  29.06 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  29.06 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  29.06 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  32.67 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  38.2 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2879  regulatory protein TetR  27.39 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  27.78 
 
 		 222 aa  62  0.000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 212 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 211 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  29.25 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  27.16 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 342 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>