215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_1965 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
234 aa  477  1e-134  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  49.32 
 
 
229 aa  215  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  39.21 
 
 
255 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  37.77 
 
 
249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 
268 aa  123  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
238 aa  118  6e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  35.17 
 
 
253 aa  116  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  36.29 
 
 
272 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 
255 aa  113  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6279  transcriptional regulator, TetR family  33.89 
 
 
235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.993212 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  35.77 
 
 
283 aa  112  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  33.48 
 
 
239 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 
255 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 
252 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00320  transcriptional regulator, tetR family  34.02 
 
 
256 aa  105  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.48619  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  36.97 
 
 
342 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 
247 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  34.89 
 
 
248 aa  103  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  31.69 
 
 
256 aa  102  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 
259 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 
343 aa  99.4  4e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 
263 aa  98.6  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 
304 aa  98.6  7e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 
272 aa  97.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
281 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 
252 aa  96.7  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0672  transcriptional regulator, TetR family  33.05 
 
 
257 aa  96.7  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1527  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 
263 aa  95.1  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.413191  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  31.93 
 
 
266 aa  94.4  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  34.03 
 
 
262 aa  92.8  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  29.44 
 
 
248 aa  92  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 
265 aa  91.7  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 
266 aa  90.5  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 
247 aa  90.5  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  33.47 
 
 
267 aa  90.5  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
242 aa  89.4  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  32.19 
 
 
226 aa  88.6  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0056  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
289 aa  87.8  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5853  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 
258 aa  87  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.389129  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4188  transcriptional regulator, TetR family  35.76 
 
 
256 aa  85.9  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
229 aa  85.9  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  35.32 
 
 
293 aa  85.5  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
248 aa  85.1  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 
311 aa  84.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
315 aa  81.6  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
224 aa  80.9  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2052  putative transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 
241 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.654374  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2430  transcriptional regulator, TetR family  39.72 
 
 
252 aa  78.6  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.522174  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2560  TetR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
272 aa  78.6  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.283011  normal  0.208167 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  35.1 
 
 
223 aa  78.2  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 
230 aa  77  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  35.15 
 
 
247 aa  77  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 
224 aa  77  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  31.2 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 
268 aa  75.1  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
268 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  36.42 
 
 
228 aa  74.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1574  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3140  TetR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.852276  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3202  TetR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3152  TetR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
257 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0092  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1632  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275496  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 
272 aa  73.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 
343 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1468  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  30.7 
 
 
250 aa  73.2  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 
210 aa  72.8  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 
231 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
235 aa  72  0.000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5933  regulatory protein TetR  37.04 
 
 
250 aa  71.6  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 
225 aa  71.6  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  26.61 
 
 
239 aa  69.7  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 
218 aa  69.7  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
269 aa  68.6  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  34.84 
 
 
230 aa  68.6  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2193  regulatory protein TetR  35.17 
 
 
243 aa  68.6  0.00000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00970434  hitchhiker  0.00792169 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
271 aa  68.2  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 
222 aa  67  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  36.44 
 
 
223 aa  66.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 
249 aa  65.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  33.86 
 
 
236 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 
214 aa  64.7  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
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NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 
223 aa  64.3  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
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NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 
218 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal 
 
 
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NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  26.64 
 
 
249 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal 
 
 
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NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 
228 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
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NC_009921  Franean1_5781  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
235 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 
234 aa  63.2  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
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NC_014158  Tpau_2453  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 
223 aa  62.8  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.106386  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  39.36 
 
 
221 aa  63.2  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  25.35 
 
 
221 aa  62.4  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0170602 
 
 
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NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
250 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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