287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6218 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  543  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  61.42 
 
 		 267 aa  297  1e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  31.12 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 236 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 271 aa  86.3  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  31.73 
 
 		 240 aa  85.9  7e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  31.14 
 
 		 268 aa  82.8  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 247 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 250 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  36.2 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  29.36 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 223 aa  75.1  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  28.91 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  34.5 
 
 		 256 aa  74.7  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3560  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.499755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  29.18 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 268 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 257 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 224 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1952  regulatory protein TetR  31.28 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  27.97 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  29.91 
 
 		 342 aa  66.2  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  42.45 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 229 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 218 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  25.98 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0056  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  28.71 
 
 		 222 aa  62  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 255 aa  62  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  26.17 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  30.04 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  25.12 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  27.15 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 		 221 aa  58.5  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2879  regulatory protein TetR  30.36 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1602  transcriptional regulator  27.01 
 
 		 208 aa  58.5  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 237 aa  58.9  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  26.6 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2560  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.283011  normal  0.208167 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  26.6 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  26.6 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  30.32 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0092  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 330 aa  57  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  37.5 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6425  putative transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00857124 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  37.89 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3783  putative TetR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 292 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>