232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2378 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  100 
 
 		 260 aa  529  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  82.55 
 
 		 236 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 278 aa  104  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 267 aa  102  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  33.03 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  32.44 
 
 		 223 aa  97.1  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  31.42 
 
 		 263 aa  96.3  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 253 aa  92.4  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 272 aa  90.1  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 224 aa  90.5  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  27.76 
 
 		 245 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 234 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  30.47 
 
 		 268 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 249 aa  85.9  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 224 aa  85.5  7e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  31.2 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  31.14 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  28.51 
 
 		 265 aa  76.6  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 		 268 aa  75.5  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  27.31 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1404  hypothetical protein  28.95 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.245587  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  24.8 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  26.55 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  26.89 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 218 aa  67  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  28.27 
 
 		 256 aa  67  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  27.46 
 
 		 259 aa  67  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  25.1 
 
 		 248 aa  67  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  26.99 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  23.88 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00320  transcriptional regulator, tetR family  28 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.48619  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  27.45 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  24.77 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  26.57 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  25.35 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  25.82 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  25.63 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  24.03 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  36.03 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  26.43 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  25.34 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  24.57 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 246 aa  62  0.000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 242 aa  62  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 250 aa  61.6  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  30.13 
 
 		 212 aa  61.6  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 213 aa  61.6  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  25.11 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  24.17 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  27.72 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>