180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6418 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 259 aa  528  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  41 
 
 		 285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  30.4 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  27.95 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  30 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0039  transcriptional regulator  29.18 
 
 		 233 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 259 aa  68.6  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4446  hypothetical protein  35.63 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  25.73 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4960  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0493125  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 230 aa  62  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  31.21 
 
 		 223 aa  62  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0559  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 215 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0251  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 202 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 230 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0585  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 215 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.581317 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3750  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  25.42 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0181  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0664  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2719  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 173 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0631  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7060  tetracycline repressor domain-containing protein  29.01 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0598818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  37.36 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 213 aa  55.1  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  27 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 268 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 200 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 221 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0039  transcriptional regulator, TetR family  24.66 
 
 		 202 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  28.77 
 
 		 219 aa  53.1  0.000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 209 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 211 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 211 aa  53.1  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 245 aa  52  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 244 aa  52  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 211 aa  52  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 244 aa  52  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 190 aa  52  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 278 aa  52  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  31.03 
 
 		 222 aa  52  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0832  Tetracyclin repressor domain protein  26.63 
 
 		 204 aa  51.6  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 315 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 224 aa  50.8  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1602  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 208 aa  51.2  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0331088  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  28.17 
 
 		 204 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  23.74 
 
 		 222 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 242 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 211 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 227 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4132  transcriptional regulator, TetR family  25.47 
 
 		 192 aa  50.4  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3074  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 192 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 239 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3134  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 192 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.641409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3091  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 192 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0742554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 315 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 233 aa  49.7  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 234 aa  50.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 		 250 aa  49.7  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 233 aa  49.3  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 		 223 aa  49.3  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  24.67 
 
 		 223 aa  49.3  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 240 aa  48.9  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  25.95 
 
 		 190 aa  48.9  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  22.47 
 
 		 232 aa  48.9  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  24.26 
 
 		 228 aa  48.5  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>