120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3861 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  100 
 
 		 231 aa  473  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  41.89 
 
 		 261 aa  174  8e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 250 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 250 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 250 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2594  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.971437  normal  0.0759549 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  30.13 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 211 aa  62  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  27.72 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  30.16 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  27.45 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 236 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  26.92 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  26.92 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  26.92 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 248 aa  53.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  20 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 240 aa  53.1  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 304 aa  52.8  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  32.2 
 
 		 247 aa  52.8  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1602  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 208 aa  52  0.000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0331088  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  25.23 
 
 		 218 aa  52  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 268 aa  52  0.000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 253 aa  52  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  37.21 
 
 		 200 aa  52  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 212 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  26.71 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  29.11 
 
 		 239 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 		 221 aa  50.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 242 aa  49.7  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 285 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 199 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 250 aa  49.3  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 		 247 aa  48.9  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 259 aa  48.9  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  28.39 
 
 		 227 aa  48.9  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  30.7 
 
 		 252 aa  48.5  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2494  transcriptional regulator, TetR family  39.76 
 
 		 257 aa  48.5  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000125237  hitchhiker  0.00279844 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 268 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5853  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 258 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.389129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 218 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  26.71 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  22.89 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 252 aa  47.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  30.28 
 
 		 266 aa  47  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 342 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 250 aa  47  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  23.57 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 210 aa  46.2  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 230 aa  45.8  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 255 aa  45.4  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 229 aa  45.4  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 229 aa  45.4  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 265 aa  45.4  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  23.84 
 
 		 220 aa  45.4  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 343 aa  45.1  0.0009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 250 aa  44.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 230 aa  44.3  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  23.83 
 
 		 293 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 259 aa  43.9  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 199 aa  43.5  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 226 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1710  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 200 aa  43.9  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 268 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 245 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 238 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0672  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 257 aa  43.5  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  23.87 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  25.33 
 
 		 232 aa  43.5  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  29.75 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  29.25 
 
 		 227 aa  43.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 231 aa  42.7  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  27.54 
 
 		 189 aa  42.7  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4217  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 193 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.152492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 213 aa  43.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>